Инженерия

Подозреваю, что причина все же в климате. На большей части Японии климат субтропический или мягкий умеренный. Большую часть года приходится бороться с жарой а не с холодом. В традиционном японском жилище построено так, чтобы обеспечить максимальный комфорт в жарком влажном климате. Пол поднят над уровнем земли, раздвижные внешние стены и внутренние перегородки (сёдзи), отвес крыши создающий внешнюю галерею.
Зимой внешние сёдзи закрывали деревянными щитами для сохранения тепла.

Что касается землетрясений, то они не мешали японцам строить многоэтажные каменные замки и здоровенные храмы. Так что не думаю, что это основная причина.

Кстати в старые времена основной урон в городах во время землетрясений наносили пожары. Полыхали эти легкие домики только так.