Абсолютно верно - дело в уровне.
Не, в камере только атомы! Все остальное внешне, и может мы разбросано по разным городам и соединено оптическими волокнами.
Вопрос про примеси интересный. Т.к. я сам не разработчик именно вакуумных камер, а в литературе это плохо описано, могу только предположить.
Влиять может следующим образом. Для оптических часов важно максимально охладить атомы, тогда, в частотной области, переход будет узким и соответственно кратковременная стабильность частоты будет лучше.
Атомы элементов, которые наиболее подходящи для оптических часов, обычно достаточно хорошо взаимодействуют с окружающей средой. Пусть даже это не приведет к образованию новой молекулы. Но это взаимодействие может повысить температуру охлажденных атомов. Что, кстати, сместит абсолютную частоту перехода (а для этой области и 1 Гц много), уширит частоту перехода (ухудшит кратковременную стабильность).
Хотя конечно интересно, можно ли подобрать газ, который будет нейтрален с элементом и заодно улучшит параметры перехода этого элемента.